深孔钻头需要用专门的包装盒包装，防止震动相互撞击。深孔钻头在应用中，从盒子中取出的钻头要放入主轴的弹性夹头中或者钻头的数控刀片可以自动取出更换。用后放回包装盒。应使用工具显微镜等非接触式检测仪器准确测量钻头直径，防止钻刃接触踏板测试仪时碰伤。
有些数控钻床用定位环，有些不用。例如，如果使用定位环，安装过程中的深度定位必须准确。如果不使用定位环，主轴上钻头的延伸长度应调整一致。多轴刨床更要注意这一点，每个主轴的钻孔深度要一致。如果不一致，可能会导致钻头钻入柜台或pcb电路板损坏。通常可以用40倍体视显微镜检查钻头钻刃的磨损情况。
钢板层压板包括上、下垫块，刨床工作时要在手机定位系统中定位牢固，对准台面上的一孔一槽。在胶粘产品的应用中，要防止钻头粘在胶带上，造成铣钻困难和断钻。从厂家购买钻头时，需要抽样检查4%的钻头在进厂时是否符合要求。用10 ~ 15倍光学显微镜检查100%的缺陷、划痕和裂纹。钻头的适度重磨可以提高钻头的使用和重磨频率，增加钻头的使用寿命，降低产品成本和费用。用通用显微镜测量，在两个主钻刃的总长度内，磨损深度应小于0.2毫米。重磨时磨0.25mm。一般固定柄钻头可以重磨3次，铲头钻头可以重磨2次。打磨过多会降低冲压质量和精度，导致pcb产品损坏。过度打磨的实际效果得不偿失。
经常检查主轴和弹性卡盘的同轴度以及弹性卡盘的夹紧力。同轴度不好，小直径钻头会断，直径大。如果夹紧力不好，具体的转速比就会和设定的转速比不一致，夹头就会偏离钻头。固定柄钻头在弹性卡盘上的夹紧长度为钻柄直径的4 ~ 5倍，才能夹紧牢固。务必检查主轴压脚。压脚面要水平，与主轴垂直，不要晃动，以免钻孔时断钻、偏孔。刨床的实际除尘效果更好。除尘风可以降低钻头温度，朋友带灰尘减少摩擦造成高温。